1942年新年盟軍向爪哇節節敗退
在1942年新年來臨時，菲律賓的盟軍軍隊對日軍來說已經無足輕重，後者將侵略的下一步目標指向了荷屬東印度。日本對這一地區儲量豐富的石油、錫、鎂、鎳、鋁土、橡膠、煤和糧食以及其他戰略資源垂涎已久，一旦完成佔領，這些資源將幾乎可以滿足其全部需要。同時，這一地區同時也是盟軍所謂「馬來屏障」即從北起馬來半島，南至新畿內亞的一連串大型島嶼--的組成部分。一旦日軍佔領了這一地區的一系列重要海峽，日軍將獲得侵入印度洋的入口，向東可威脅英屬印度，向西則可進攻澳大利亞西海岸。
儘管盟軍成功地判斷出了這一動向，盡力向東印度地區和新加坡集中部隊並於1942年1月15日建立了ABDA聯合司令部（Australian-British-Dutch-American
(ABDA) Command,
American-British-Dutch-Australian Command, ABDACOM），試圖協調四國在東南亞以及荷屬東印度的防衛行動。但是自從1941年12月20日英屬婆羅洲的達沃陷落以來，日軍的入侵步伐並未減緩。這一方面是由於日軍較盟軍來說在兵力以及質素方面佔優，另一方面也是因為聯軍的四個成員同床異夢，各懷心思：美國打算反攻菲律賓，英國希望全力固守新加坡，荷蘭指望守住荷屬東印度，而澳大利亞則期望阻止日軍可能實施的對該國的入侵。語言上的障礙更使得ABDA聯合司令部顯得非常低效，一位荷蘭軍官就曾記錄說：「（司令部裡）誰也不知道別人在幹甚麼」。
遠東的歐洲殖民者在各懷鬼胎，但日軍卻在馬不停蹄地繼續席捲而來。
盟軍沒能成功阻止任何一次日軍登陸行動
1月11日，西里伯斯（現名蘇拉威西Celebes）東北的萬鴉老（Manado）和科馬陷落；次日，荷屬婆羅洲的塔拉坎（Tarakan）陷落。塔拉坎的陷落尤為災難性，因為當地荷蘭守軍在撤退前並未破壞機場設施，將完好無損的機場留給了日軍。日軍航空兵隨即進駐此地，很快就利用塔拉坎的機場奪取了附近地區的制空權。
1月21日，日軍由塔拉坎出發，於24日在巴厘巴板（Balikpapan）登陸。幸運的是，這一次荷蘭守軍在撤退之前破壞了當地的石油設施。同日，另一支日軍在肯達里（Kendari）登陸，奪取了當地的一個機場，並以此為基地將東爪哇劃入了日軍航空兵的攻擊範圍。 2月9日，望加錫（Makassar）陷落，同日日軍在蘇門答臘的邦加島（Bangka）登陸，16日佔領了蘇門答臘的重要港口巨港（Palembang），這一次荷蘭守軍沒有能及時覆制他們在巴厘巴板的成功，日軍在當地完整地獲得了他們夢寐以求的油田。 2月10日，馬辰（Banjarmasin）陷落。至2月15日，被稱為是「拱衛南方資源寶庫的兩個看門人」之一的新加坡要塞，陷落日軍手中。而另一個「看門人」--美國殖民地菲律賓雖然仍在抵抗，但駐菲律賓的美軍已經被壓縮至呂宋島西南一隅的科雷吉多島（Corregidor）要塞，對阻擋日本帝國的大軍肆虐南洋毫無意義。科雷吉多島的抵抗只是單純的拖延時間，對大局不會有任何影響，其結果也必然是破城投降。
在這節節敗退的一個月內，盟軍海軍也作出過一些努力。首先在1月24日日軍登陸巴厘巴板時，美國海軍第5驅逐艦分隊的4艘驅逐艦「約翰．福特」號（USS John D. Ford）、「波普」號（USS Pope）、「帕羅特」號（USS Parrott）和「保羅．瓊斯」（USS Paul Jones）號衝進了日軍錨地發起了攻擊。在當日凌晨3時至4時的突擊戰中，它們擊沉了日軍3艘運輸船和1艘日軍巡邏艇。此外，盟軍還零星取得擊沉1艘驅逐艦、2艘掃雷艇、1艘潛艇和4艘運輸船的戰績。2月4日盟軍方面還組織了一支艦隊前往望加錫海峽作戰。該艦隊包括4艘巡洋艦和8艘驅逐艦，由荷蘭海軍少將卡萊爾．杜爾曼（Karel Willem Frederik Marie Doorman ，1889年4月23日- 1942年2月28日）指揮，試圖重演在巴厘巴板的成功。
當日該艦隊在望加錫附近遭到日軍空襲，在這場戰鬥中美國海軍「休斯敦」號重巡洋艦（USS Houston CA-30）的後主砲塔被日軍航空兵投下的穿甲彈擊中損壞，從此之後該艦隻有6門203毫米主砲可以作戰。另一艘美國輕巡洋艦「馬波海德」（USS Marblehead CL-12）號吃了2枚炸彈和1枚近失彈，受損嚴重。杜爾曼的旗艦荷蘭海軍「德．魯伊特」（Hr. Ms. De Ruyter）號輕巡洋艦也被擊傷。突擊艦隊被迫返回芝扎拉（Cilacap），「馬波海德」號在此經過暫時修理後前往錫蘭（今斯里蘭卡）。
2月14日，盟軍海軍又出動一支艦隊前去攻擊一支位於蘇門答臘海岸附近的日軍船隊。這支艦隊包括旗艦荷蘭海軍輕巡洋艦「德．魯伊特」號、「爪哇」號（HNLMS Java）、「特羅姆普」號（HNLMS Tromp）、澳大利亞海軍輕巡洋艦「霍巴特」號（Hobart）、皇家海軍重巡洋艦「埃克塞特」號（Exeter）、荷蘭海軍驅逐艦「範．格恩特」號、「皮特．海因」（HNLMS Piet Hein (1927) ピートハイン）號、「班克特」號、「科頓納爾」號和美國驅逐艦「斯圖爾特」號、「巴克」號、 「布爾默」號、「約翰．約翰．愛德華茲」號、「皮爾斯伯里」號和「帕羅特」號。
在這場被稱為加斯帕爾海峽之戰的戰鬥中，「範．格恩特」號擱淺，「巴克」號和「布爾默」號被來自日軍「龍驤」號航空母艦的日軍航空兵炸傷，被迫前往澳大利亞。 2月18日，日軍在巴厘登陸，杜爾曼率領部分兵力分三批前往攻擊。儘管總兵力上佔優（盟軍方面3艘荷蘭輕巡洋艦、2艘荷蘭驅逐艦、6艘美國驅逐艦，日軍方面4艘驅逐艦），但是在這場發生於2月19日～20日夜間被稱為萬隆海峽之戰（巴塘海峽戰役Battle of
Badung Strait）的戰鬥中，盟軍付出了較日軍更大的損失也沒有達到阻止日軍登陸的目的。在戰役中，四艘日本驅逐艦「滿潮」、「荒潮」、「大潮」、「朝潮」擊敗了數量和火力遠超自己的盟軍艦隊，保護了兩艘運輸船「相模丸」及「笹子丸」的安全並擊沉了荷蘭驅逐艦「皮特．海因」號。
簡而言之，截止2月末，盟軍沒能成功阻止任何一次日軍登陸行動。
盟軍組成聯合艦隊 決心海上迎擊日軍
新加坡和巨港的陷落，標誌著盟軍在遠東的兵力已經被分割在兩個相距甚遠的戰場上∶緬甸和東印度。至2月底，在整個東印度只有爪哇和零星的據點還在盟軍手中。
日軍對爪哇的入侵已經不可避免，參與這一攻擊的日本陸軍為今村均（いまむら
ひとし，1886年6月28日-1968年10月4日）中將指揮的第16軍，為該軍提供護航的是由日軍第2艦隊司令近藤信竹（こんどう のぶたけ，1886年（明治19年）9月25日-1953年（昭和28年）2月19日）海軍中將指揮的南方部隊。
2月18日，日軍準備入侵西爪哇的部隊搭乘56艘運輸船從金蘭灣（Cam Ranh Bay，越南語：Vịnh Cam Ranh）啟航，其目的地為默拉克和萬丹灣。該部的護航隊由原顯三郎（はら
けんざぶろう，1887年7月15日-1971年9月20日）海軍少將指揮，下轄第5、第6、第11、第12、第22驅逐艦分隊、「龍驤」號航空母艦、第7戰隊和其他一些艦隻。次日準備入侵東爪哇的部隊搭乘41艘運輸船從霍洛島（Jolo、Joló）出發，其目的地為格拉干。為其提供護航的是西村祥治海軍少將指揮的艦隊，掩護艦隊由高木武雄海軍少將指揮，包括第2、第4兩個水雷戰隊和第5戰隊的兩艘重巡洋艦。日軍計劃兩支部隊在2月28日同時登陸。
此前，在2月14日荷蘭海軍中將海夫里奇（又譯康拉德．赫爾弗里赫C. E. L. Helfrich，1886-1962）接替美國將軍湯馬斯．哈特（Thomas Charles Hart，1877年6月12日-1971年7月4日）成為盟軍海軍部隊司令官。為了迎接迫在眉睫的日軍入侵，海夫里奇將盟軍艦隊分為兩部。東突擊編隊由荷蘭海軍少將杜爾曼指揮，下轄「休斯敦」號、「德．魯伊特」號、「爪哇」號、驅逐艦「威特．德．威斯」號、「科頓納爾」號、「班克特」號、「保羅．瓊斯」號、「約翰．福特」號、「約翰．約翰．愛德華茲」號和「奧爾登」號，以泗水為基地，此時該港已經在日軍航空兵打擊範圍內，後者每天都會來此登門拜訪順便留下炸彈若干。西突擊艦隊由澳大利亞海軍上校柯林斯（Collins）指揮，下轄皇家海軍重巡洋艦「埃克塞特」號（HMS Exeter(68)）、輕巡洋艦「龍」號、「達娜厄」號、驅逐艦「伊萊克特拉」號、「遭遇」號、「朱庇特」號、「斯科特」號和「特尼德斯」號以及澳大利亞輕巡洋艦「霍巴特」號和荷蘭驅逐艦「艾弗森」號，以丹戎不碌港（Tanjung Priok，又稱丹戎普瑞克）為基地。此外澳大利亞輕巡洋艦「珀斯」號於24日加入了西突擊艦隊。在緊急情況下，這兩支艦隊將合併出擊，不過眼下兩支艦隊都缺乏燃料。此外，由於長時期作戰，盟軍各艦人員都很疲憊，被擊傷或因故障而導致的損害尚未完全修復。由於日軍掌握著制空權，無論是在泗水港還是在芝扎拉港，相應的維修設施都非常缺乏。
2月25日，一架荷蘭飛機發現了日軍的東爪哇入侵部隊。海夫里奇將軍在收到這一情報後，認為日軍將先在東爪哇登陸，於是立即命令「埃克塞特」號、「珀斯」號、「伊萊克特拉」號、「遭遇」號和「朱庇特」號離開東突擊艦隊前往支援杜爾曼。26日，盟軍會師。在最後一次會議上，杜爾曼顯得信心滿滿，他希望在擊退日軍東入侵部隊之後全軍揮戈西進，以擊退日軍西入侵部隊。鑑於日軍採用的是向心作戰線，杜爾曼打算利用內線作戰地位各個擊破的構想倒也正常。問題是，盟軍有沒有能力逐一打掉兩支日軍呢？
在敘述杜爾曼艦隊如何迎來最後的命運之前，筆者希望先簡單介紹一下盟軍西突擊艦隊其餘艦隻的命運。26日，日軍飛機發現了盟軍西突擊艦隊。日軍遂分出4艘巡洋艦和3艘驅逐艦試圖攔截西突擊艦隊，但後者在雙方接觸前就撤退了。次日，在英國海軍帕里瑟少將逼迫下，海夫里奇被迫同意剩餘的英國和澳大利亞艦提前往錫蘭。除了「艾弗森」號之外，這些艦隻及時地趕在日軍到來之前經由巽他海峽西撤，暫時逃出了生天。
對峙爪哇：盟軍14艘軍艦VS日本18艘軍艦
從紙面上來看，盟軍2艘重巡洋艦、3艘輕巡洋艦和9艘驅逐艦與日軍2艘重巡洋艦、2艘輕巡洋艦和14艘驅逐艦差距不大，但盟軍有聯絡配合方面的問題。無線電通信基本失效，旗艦發往美國驅逐艦的命令需要通過信號燈先發往「休斯敦」號再由後者轉達。
從火力上看，盟軍一共只有12門8寸203毫米炮（2艘重巡各6門），而日軍則擁有20門。魚雷上更是相去甚遠。日軍共擁有146根24寸610毫米魚雷發射管，而盟軍只有95根21寸533毫米魚雷發射管，其中4艘美國驅逐艦雖然各有12根魚雷發射管，但是各自只攜帶了6枚魚雷。更為重要的是，這將是日本視為「決勝利器」的93式「長矛」魚雷首次投入實戰。而盟軍方面對於這種新式魚雷的射程和速度一無所知。
由於航行過程中兩次遭遇到日軍飛機並受到過航空炸彈的威脅，在16時前後，杜爾曼曾去電要求岸基戰鬥機為艦隊提供空中掩護，但是聯軍空軍司令部卻打算利用手頭有限的戰鬥機保護3架攻擊機（一說為4架）在當天傍晚前去空襲日船隊。杜爾曼的要求自然也就無法滿足--對於空軍的這一決定海軍方面毫不知情，盟軍指揮系統的混亂可見一斑。
心懷不滿的杜爾曼準備再次發報去「痛陳厲害」，指望著指揮空中力量的部門能夠回心轉意與海軍方面同心合作。而他所不知道的是，這場戰鬥已經迫在眉睫。
泗水外海不期而遇：雙方炮術水平接近
盟軍聯合艦隊和日本艦隊彼此幾乎是同時發現對方。
「神通」號的瞭望哨報告於30000碼外東南南方位發現敵艦桅杆是在16∶10，不過桅杆顯然是屬於杜爾曼艦隊中那些巡洋艦的，因為此時距離日本艦隊最近造型低矮的驅逐艦「伊萊克特拉」號與「神通」號相距不超過19000碼。「伊萊克特拉」號則是在日艦做出目擊報告的2分鐘後發現「神通」號的，此時兩支艦隊的航向夾角約為30°。
雙方對這場戰鬥可以說都有準備的，但彼此卻都沒有意識到交鋒會這麼快就爆發。 16∶15前後，盟軍聯合艦隊與日本海軍彼此都褪下了各自的面紗，逐漸向著對方展示出自己的全部……
16∶16，航行於「神通」號右前方的西村編隊也發現了盟軍艦隊，而第二水雷戰隊司令官田中瀨三（たなか らいぞう，1892年（明治25年）4月27日-1969年（昭和44年）7月9日）此時更是發現了已經近在18000碼之外的「伊萊克特拉」號。隨即，不待高木武雄少將下令，「神通」號即向18000碼之外的「伊萊克特拉」號開砲射擊。爪哇海戰由此展開。
「神通」的砲打得極準，於18000碼距離上向「伊萊克特拉」號的首次開火就形成了跨射。「伊萊克特拉」號試圖還擊，無奈心有餘而力不足，因為這個距離超過了英軍驅逐艦裝備的4.7英寸45倍徑（120毫米）炮的最大射程，於是「朱庇特」號和「伊萊克特拉」號轉向巡洋艦編隊左側躲避攻擊，以避免無謂的損失。
「神通」號開火1分鐘後，重巡洋艦「那智」號的203毫米重砲加入了戰鬥。這艘船在28000碼的距離上以全部10門203毫米主砲開火，聲勢驚人。遺憾的是，「那智」的測距比起「神通」號差距不小，第一輪齊射近了約2000碼。
儘管敵艦的準頭欠奉，但是對其攻擊置之不理的話會對士氣產生不利影響，更何況這支ABDA聯合艦隊本身就有「烏合之眾」的嫌疑。基於這種簡單的理由，杜爾曼決定還擊，儘管此時雙方艦隊主力的距離遠到了幾乎不可能命中的程度。
「休斯敦」號和「埃克塞特」號上的總計12門8英寸炮在16∶20開始還擊，目標直指大約28000碼外的「那智」號巡洋艦。
在杜爾曼麾下僅有這12門8英寸炮可以在當前的距離上攻擊日本重巡洋艦，然而其表現卻意外的好。射擊後僅1分鐘，使用紅色染料標記彈著的「休斯頓」號就幾乎射中了「那智」號，其中一發近失彈濺起的水花甚至染紅了高木武雄少將的軍裝，著實將這位潛艇部隊出身的戰隊司令驚的夠嗆。而這一擊，也被盟軍艦隊方面的瞭望哨誤判為命中。
驅逐艦太薄 日軍重巡衝陣發射魚雷
由於己方艦隊被受損艦艇拖累故航速較低，為了防止被日艦搶佔T字頭，16∶21的時候杜爾曼命令艦隊「左舵20」，以確保和日艦隊處於一個近似於平行的航向上。與此同時，被濺了一身紅的高木武雄則命令艦隊右轉以拉開距離。過了8分鐘，杜爾曼進一步命令艦隊轉向西西南方向，雙方的這番機動使得彼此充作主力的重巡洋艦之間的距離被保持在了26000碼上下。在這段時間內，由於盟軍主力編隊中輕巡洋艦的6英寸主砲受射程限制，故未能加入到砲擊行列之中。同樣的日本輕巡洋艦和驅逐艦也因為射程問題而歸於沉寂，交戰雙方只是彼此使用重巡洋艦的8英寸炮斷斷續續地互相射擊。
雖然早在16∶20前後「休斯敦」號便先報告命中了敵艦，但是事實上被戰史認可的第一次命中是卻來自於日方。16∶31，也就是杜爾曼下令左轉的10分鐘後，1發203毫米砲彈命中了旗艦中了「德．魯伊特」號，所幸這是一發啞彈，功效只是給「德．魯伊特」號的船艙開了幾個新的通風孔而已。而在此時，急於求戰的西村祥治正率隊向西南南方向航行，他率隊直接穿越了僚艦的射擊火線，搶佔了位於盟軍艦隊西北方位的魚雷發射陣位。
16∶34，逼近盟軍艦隊的「那珂」號率先在15000碼距離上發射4枚魚雷，田中瀨三不甘人後，於是1分鐘後「神通」號也擊出4枚「長矛」，此後在16∶40~16∶45之間，西村手下的6艘驅逐艦在大約13000碼的距離上先後發射了23枚長矛魚雷。
ABDA艦隊當然不是日常練習用的死靶子，逼近的日本驅逐艦遭到了盟軍艦艇的密集射擊，此前受制於射程問題而不能應戰的4英寸炮、4.7英寸炮和輕巡洋艦的6英寸主砲紛紛開火，一時間在西村艦隊周圍打得彈片橫飛。遭到密集炮火阻攔的西村艦隊也很識趣，在發射魚雷之後迅速釋放煙幕轉向西西北方向，其見事之明通曉厲害的程度，是2年之後在蘇里高海峽前所不能比的。
由於遠距離砲擊難以奏效，坐鎮「那智」號的高木武雄下令麾下直接受其節制的2艘重巡洋艦發射魚雷去撞大運。16∶52，「羽黑」號在22000碼距離上以左舷魚雷發射管射出8枚魚雷。而作為日本海軍聯合艦隊第五戰隊旗艦的「那智」號，由於魚雷發射管故障未能與僚艦一同發起雷擊。
日本魚雷射程遠 致盟軍誤認為有潛艇
大約在16∶50前後，雙方交戰的主力艦艇已趨於穩定，彼此以25節的速度幾乎平行向西航行。在這段時間裡，雙方主砲的發射頻率都不低。以「休斯敦」號為例，該艦主砲的發射速度維持在了每分鐘5～6發上。而日艦的發射速率，也差不多維持在這一程度。戰況陷入相持狀態。
交戰以來的第二次命中發生在16∶53，荷蘭海軍的「德．魯伊特」號再次被「羽黑」號的203毫米主砲命中，不過這一次依然是啞彈。同屬荷蘭的「爪哇」號則可能在16∶45～16∶55間也挨了1發啞彈，只是這發砲彈究竟來自哪艘日艦已經無從查證。除了直接命中的啞彈，「珀斯」號在此期間連續遭遇2發在25碼開外落下的近失彈，彈片造成輕微損害。
在這一時間內，雙方的瞭望哨都曾報告目睹過對方艦隻的沉沒。盟軍巡洋艦上的觀察哨在16∶50前後曾報告「羽黑」號被多次命中，隨後敘述其「正在起火下沉」，而實際上在海戰的第一階段日方艦隻並無損失。當然，發生誤判的不止是盟軍方面，日方同樣觀察到發生到盟軍艦隻周圍的離奇爆炸，有人聲稱那是魚雷命中，也有人認為那是水雷。而事實上，他們都猜錯了--日方看到的只是長矛魚雷提前自爆。不過，這些在當時來說射程驚人的魚雷同樣也引起了盟軍的困惑。由於對日本魚雷的射程一無所知，盟軍並不認為這些魚雷來自遠方的敵艦，而是傾向於認為來附近有日軍潛艇在活動。在這種觀點下，「約翰．愛德華茲」號甚至報告發現了發現海面上有潛望鏡。由於子虛烏有的日軍潛艇的威脅，因此在己方巡洋艦隊奮戰的同時，盟軍驅逐艦也在忙著發射深水炸彈。由於推測中發動暗算的日本潛艇位於東北位置，杜爾曼下令巡洋艦隊一齊左轉規避。
日軍全軍突進發動雷擊戰盟軍開始混亂
ABDA指揮部之前計劃的空襲在當天的臨近17點的時候終於開始了。
17∶04，高木接到船隊報告聲稱遭到空襲。這是來自爪哇島的3架A-24攻擊機的「傑作「，它們在10架P-40戰鬥機（一說為「水牛」式戰鬥機）的護衛下於16∶45開始了這場歷時2分鐘的進攻。不過，空軍的這一次單獨行動沒有取得任何戰果。
雖然己方的運輸船隊完好無損，但是缺乏空中掩護的高木少將不免有些心虛，由於遭到空襲的就是戰鬥開始後從己方艦隊脫離的運輸船隊，這就促使高木武雄決心盡快解決眼前的戰鬥，他改之前保持在遠距離利用重砲優勢融化敵艦隊的策略，決定突進敵艦隊進行一次魚雷總攻。然而沒等高木和他的司令部小組完成並下達這一部署，他的艦隊就連續「開張」了。
17∶05，「休斯敦」號再次被命中--還是啞彈，不過這發啞彈打中的是該艦的輪機艙，所以即便是顆啞彈仍一度迫使該艦減速。而假使顆砲彈開了花，那麼對於杜爾曼艦隊來說，將會是決定存亡的災難性一擊。緊接著17∶05的命中，「那智」號完成了此役日本艦隊的關鍵性一擊：該艦發射的1發203毫米砲彈在17∶08分命中了重巡洋艦「埃克塞特」號的右舷後副砲，砲彈穿過後者的鍋爐艙通風裝置在B鍋爐艙爆炸，14人當場陣亡。這次爆炸造成「埃克塞特」號8個鍋爐中的6個喪失功能，該艦帶著大火幾乎向左轉了90度偏出了盟軍隊列。更為糟糕的是，跟在「埃克塞特」號後面的「休斯敦」、「珀斯」和「爪哇」號等艦不明就裡的跟隨著向左轉了90度。而盟軍分艦隊的旗艦「德．魯伊特」號則被單獨拋在了戰列的最前面。
這一意外情況徹底打亂了整個盟軍艦隊的作戰隊列，甚至波及到此時正行駛在巡洋艦隊左翼的驅逐艦隊。最先穩住陣腳的是「珀斯」號，這條船在反應過來究竟發生了甚麼後便迅速向「埃克塞特」號靠攏，環繞其釋放煙幕以掩護後者。而旗艦「德．魯伊特」號則被迫左轉，以便和其餘艦隻匯合。
這一變故對於高木武雄來說無疑天助，他隨即下令艦隊轉向南東南方向發起魚雷突擊。
17∶13，一枚魚雷命中了此前一直拖著拖後腿的「科頓納爾」號，右舷的劇烈爆炸將該艦撕成了兩半。根據「約翰．愛德華茲」號上的目擊者的測算，「科頓納爾」號從中雷到沉沒的時間僅90秒。據推測，這枚魚雷來自「羽黑」號。
「科頓納爾」號的沉沒似乎標註了一個階段的結束，17∶20，通紅的晚霞已出現在天際。在這段時間的戰鬥中，日本聯合艦隊第5戰隊的艦艇，以一種「點炮仗玩」的心態發射了總計1271枚203毫米砲彈和141枚140毫米砲彈，外加各類魚雷39條（一說43）。而他們收穫的戰果，是命中203毫米炮4發（也可能5發），擊中魚雷1枚。其情雖然不堪，但盟軍方面則是更為慘淡，在這一階段的砲戰中毫無斬獲。
日軍發射92枚魚雷 全部沒能命中目標
17∶25，杜爾曼發出「跟隨我」的信號，重整隊列。遭受重創的「埃克塞特」號在「威特．德威斯」號的護衛下以5節的速度向泗水返航，艦隊改為「德．魯伊特」號為先導，「珀斯」號、「休斯敦」號和「爪哇」號依次跟進，4艘美國驅逐艦尾隨在艦隊最後充當後衛。重整後的杜爾曼艦隊轉向東北航行。
日軍的偵察機在這場戰鬥中發揮了重要作用。在日落前的時間裡，日軍艦載水上偵察機一直盤旋在盟軍上空，因此高木能源源不斷地收到盟軍艦艇的準確船位和隊列信息。根據偵察機發來的情報，高木武雄下令將田中和西村麾下的分艦隊集中在「埃克塞特」號的右舷位置，準備在恰當的時機了結該艦。察覺危險的杜爾曼於17∶30命令最近的英國驅逐艦前出攻擊這兩個分隊（一說17∶25）。
儘管實力相差懸殊，但英國驅逐艦「伊萊克特拉」號和「朱庇特」號仍然毫不猶豫地衝入煙霧準備發起突擊。與此同時，高木的2艘重巡在19500碼的距離上再度開火。
局勢非常不利，但是杜爾曼不準備坐以待斃，他於17∶45準備再次率領巡洋艦接敵，但是此時「德．魯伊特」號和「休斯敦」號的無線電裝置已先後損壞。這一下連盟軍巡洋艦之間的聯絡都成了問題，遑論向驅逐艦轉發指示了。屋漏又逢夜雨，一直在頭頂上轉悠的日本飛機恰在這一時刻發起了攻擊，向盟軍艦隊投下了3枚炸彈。不過和雙方航空兵此前的攻擊一樣，炸彈沒有造成損失。
日軍在17∶48開始了第二次魚雷攢射，這一次的目標是返航中的「埃克塞特」號。
「羽黑」號和「那智」號分別於17∶48和17∶54在27000碼距離上向蹣跚前進的「埃克塞特」號發射了8條魚雷，17∶50「那珂」號在18500碼距離上由西北方向發射了4條魚雷，此後「神通」號於17∶54在20000碼距離上又發射了4條，田中分隊所屬的各驅逐艦跟在旗艦後面在17∶57～18 ∶02依次在15000碼距離上依次發射了剩下的全部魚雷。田中的分隊射出全數魚雷之後輪到了西村艦隊上場。
西村祥治麾下共有6艘驅逐艦。18∶04，第2驅逐艦中隊各艦在10000碼距離上各發射4條魚雷，隨後，18∶07「朝雲」號在6500碼距離上亦擊出4條魚雷。而此時，「峰雲」號正在為躲避己方魚雷而四處機動，所以沒有參加這波魚雷攻擊。這一次，日軍沒有覆製1個小時前通過關鍵時候命中以打亂盟軍陣型的好運氣，射出的全部92條魚雷盡數落空。
驅逐艦互毆：盟軍第一祥瑞艦終沉沒
在日軍魚雷齊射的同時，雙方的驅逐艦正在做殊死搏鬥。受命發起突擊的2艘英國驅逐艦與前來阻擊的日本驅逐艦展開了激烈的戰鬥，「伊萊克特拉」號衝出煙幕後迎頭撞上田中分隊，隨即開火。該艦的火力相當準確，幾次齊射後便命中了「神通」號，這枚砲彈造成了「神通」號上1死4傷。隨後該艦又與「朝雲」號展開砲戰，1發砲彈在5000碼上命中了後者的輪機艙，使這艘驅逐艦當即失去動力停了下來。而這枚砲彈同時也造成了「朝雲」號輪機艙內4死（一說5死）19傷。此外該艦還聲稱命中了「時津風」號1發。
但是被重創的「朝雲」號很快為自己翻了本：「伊萊克特拉」號首先被「朝雲」號命中艦橋下方，隨後另1發砲彈直接射入了「伊萊克特拉」號左舷的2號鍋爐，將艙內的鍋爐炸了個稀巴爛。「伊萊克特拉」號同樣失去了動力。
就在「伊萊克特拉」號和「朝雲」號作殊死搏鬥的同時，突擊中的「遭遇」號於18∶00～18∶10間與「峰雲」號展開了砲戰。「遭遇」的戰果沒有「伊萊克特拉」那麼好，「峰雲」號受損輕，船上4人掛了彩。「峰雲」號沒有和「遭遇」號過分糾纏，而是直接駛向失去動力的「伊萊克特拉」號以魚雷將其了結。
「伊萊克特拉」號殘破的身軀熬不住「長矛」魚雷的打擊，於18∶16沉沒。這艘在過去不到一年的時間裡轉戰南北，先後目擊了皇家海軍「胡德」號、「反擊」號和「威爾士親王」號等3艘主力艦沉沒的小小驅逐艦終於長眠海底。次日清晨，隸屬美國海軍的SS38號潛艇掃蕩了這片飄滿殘骸的海域，救起了「伊萊克特拉」號倖存的54名船員。海軍史中有些事情是說不清的，有關「掃帚星」的傳聞也並未因「伊萊克特拉」號的沉沒而終結，同樣被投入了這場發生在爪哇海上搏殺的日本海軍「雪風」號驅逐艦，將會把「掃帚星」的名號繼承下去發揚光大……
美軍連續發射24枚魚雷同樣無一發命中
在盟軍主力這邊，聯絡方面的問題也使得糟糕的情形雪上加霜。「約翰．愛德華茲」號的艦長回憶當時他先後收到了「發起反擊」、「取消反擊」、「放煙幕」的命令，弄得他無所適從。正在盟軍艦隊各方焦頭爛額的同時「休斯敦」號仍在向「那珂」號射擊，並終於在17∶56對日艦形成跨射。然而就在「休斯敦」號的射控官倍受鼓舞打算再接再勵的時候，2枚砲彈再度命中該艦。雖然都是啞彈。
最終，位於盟軍艦隊末尾的美軍驅逐艦終在收到了署名杜爾曼將軍的明確的指令：「掩護（受損艦艇）撤退」。做出撤退決定的原因並不清楚，也許是因為隨著天色漸晚，能見度已經降低到15英里，正和敵艦隊激烈交火但毫無勝算的杜爾曼少將感到了騎虎難下的窘迫，正打算藉此機會擺脫日本艦隊利用夜幕的掩護向2個小時前駛離了戰場日軍運輸船發動奇襲。
在美國人看來，完成這一命令的最好方式是主動發起攻擊。
18∶10，美驅逐艦在指揮官賓福德中校的指揮下準備發動魚雷突擊。4艘驅逐艦於18∶22～18∶27先後在10000碼（一說14000碼至15000碼）距離上冒著日軍的阻擊砲火將全部24枚魚雷集中射向了擔當日本艦隊核心的重巡洋艦「那智」號和「羽黑」號。結果不難預料，這24枚魚雷全部失的--反正在這麼遠的距離上美國人也沒指望能獲得甚麼戰果。不過在此前後，盟軍巡洋艦方面終於有了這次戰鬥中惟一可以核實的命中記錄：「羽黑」號的水上飛機彈射器被來自於「珀斯」」號的1發砲彈命中。然而這次命中對日艦來說無關痛癢。4艘美軍驅逐艦發射完魚雷後於18∶30返回隊列與艦隊主力匯合。
此時，天色已晚。高木發現泗水燈塔在望，擔心闖入雷區，因此決定向北航行重整。同時盟軍也失去了目標。爪哇海戰第二階段就此結束。
在至此為止已經進行了2個多小時的海戰中，日軍共消耗了1573枚8英寸砲彈、191枚5.5英寸砲彈和131枚（一說135枚）魚雷，擊沉盟軍2艘驅逐艦，重創1艘重巡洋艦，己方僅僅「朝雲」號受重創，其他各艦輕傷不影響戰鬥。盟軍方面的彈藥也所剩不多，驅逐艦的燃油也即將耗盡。此外，此時盟軍方面所有美軍驅逐艦已經沒有魚雷，在艦隊對戰上已經沒有甚麼用武之地了。由於「威特．德．威斯」號正同「埃克塞特」號一同返回泗水，兵力對比對盟軍更加不利。
爪哇海在燃燒：盟軍決心夜戰襲擊日本運輸船
儘管形勢令人絕望，但是杜爾曼不想放棄--這畢竟是為了保衛荷蘭人自己的殖民地，荷蘭人若不放手一搏，除了上帝也沒有別人能幫得上忙了。18∶30過後不久，他再次打出「跟隨我」（Ik val aan, volg mij！）的信號，帶領剩餘的盟軍艦隻重返戰場。盟軍隊列依次為「德．魯伊特」號、「休斯敦」號、「珀斯」號和「爪哇」號，「朱庇特」號和「遭遇」號在左作為側衛，4艘美國驅逐艦在右和後方，航向西北。
為了搞清楚作戰的主要對象--日本運輸船的行踪，杜爾曼致電海夫里奇將軍：「敵軍向西撤退，敵運輸船隊在哪裡呢？」」此刻他的算盤是設法繞過高木武雄的掩護艦隊，直接打擊日軍運輸船隊。
不幸的是，從這天上午就一直在盟軍上空晃悠的日軍偵察機仍然沒有離去。儘管天色已晚能見度下降，但是日軍偵察機依靠不時投下照明彈竭力保持著對盟軍艦隊的監視。正因為此，高木依然能不斷得到盟軍位置的報告，並從這些報告中推斷出杜爾曼的意圖。而心念運輸船安危的高木武雄此刻也正率領艦隊向西北航行，打算與己方運輸船隊匯合，以防被杜爾曼渾水摸魚。
18∶46的時候，3個小時前彈射自「神通」號的艦載水上偵察機報告說盟軍艦隊正試圖「殺回馬槍」。敏感的高木立即命令各艦準備夜戰。不過此時他的艦隊正處於激戰之後的放羊狀態，未及重整的各艦四散附近海域不成隊形。
田中瀨三麾下的艦艇此刻正以驅逐艦隊為單位分散在偏北的位置上。先前發起魚雷突擊的第7驅逐艦中隊不久前才剛同旗艦「神通」號匯合，而第16和第24驅逐艦中隊此刻正忙於重新裝填魚雷，直到19∶07才趕來與旗艦「神通」號匯合。第9驅逐艦中隊的「朝雲」號和「峰雲」號都是帶傷堅持戰鬥，於是被高木下令加入運輸船隊。
至於高木武雄本人麾下直轄的重巡洋艦隊，在18∶57的時候曾被迫停車以便回收早先彈射出去已經耗盡燃料的5架水上飛機，一時也無法投入作戰甚至無法移動。
西村祥治麾下的第4水雷戰隊情況略好，雖然驅逐艦多半也正在忙於魚雷裝填，但隊形還比較整齊，各驅逐艦中隊也未分散。由於此前偵察機指出盟軍正直衝向日軍運輸船隊，因此19∶04西村命令船隊立刻轉向迎敵。19∶22，當第5戰隊完成回收時，日軍瞭望哨已經發現杜爾曼的艦隊出現在東南方向13000碼外。
戰鬥再度拉開序幕始於19∶32，「那珂」號報告目擊了十餘次砲口焰的閃光，這正是盟軍發射的照明彈。隨即，小降落傘吊著照明彈將這一海域照得通亮。為了給第5戰隊直屬的2艘重巡洋艦爭取時間啟動，田中瀨三未及收攏第2水雷艦隊的全部艦艇刻衝至盟軍艦隊與第5戰隊之間的海域應戰。
19∶33，「珀斯」號和「休斯敦」號發現逼近的田中分隊，於是先後開火，可惜落點偏近。「神通」號自知不是對方巡洋艦的對手，所以在21000碼距離上發射了4枚魚雷。發射魚雷的閃光使得「珀斯」號的艦長沃勒上校（HML Waller）意識到對手在幹甚麼，他隨即命令該艦於19∶36向右做了一個60度的急轉彎。田中的頭腦也很清醒，知道拖住時間就算是完成任務，眼見盟軍轉向便見好就收地再次施放煙幕，於是雙方又失去聯繫。在這次短暫的戰鬥中，盟軍遺憾地沒能發現遠方沒有發動幾乎是死靶的日軍重巡。雖然「那智」號曾於19∶37開火射擊，但是既沒有命中敵艦，也沒有引起盟軍的注意。
己方聯絡上的困難和日軍輕型艦艇的活躍使得杜爾曼意識到，僅憑硬碰硬非但無助於實現自己的戰術意圖，相反有可能搭上他手中的艦隊。在20∶00前後，他決定嘗試用向東然後轉向南航行靠近海岸以欺騙日軍，從而迂迴打擊日軍運輸船隊。
夜晚23點盟軍艦隊向日軍發動「自殺攻擊」
一個小時後，盟軍到達爪哇北岸20米等深線水區，隨後盟軍主力右轉向西航行，4艘美國驅逐艦則在賓福德的指揮下返回泗水--它們的燃油和魚雷都已耗盡，根據杜爾曼此前的指示，在這種情況下它們可以返航。為了向旗艦解釋這一決定，賓福德不得不先向岸上電台發報，而後再由後者轉發給杜爾曼。自從「休斯敦」號的無線電系統損壞之後，盟軍驅逐艦只能用這一類辦法來和旗艦聯絡。此後杜爾曼在收到賓福德的報告後曾命令後者立即率隊前往雅加達補充魚雷。賓福德拒絕了這一要求，理由很簡單：驅逐艦更需要補充燃料。
迂迴措施並未改善杜爾曼艦隊的處境，相反卻使得悲劇再度發生。21∶23，「朱庇特」號毫無徵兆地發生了爆炸。迅速失去動力的該艦於4小時後沉沒。準確原因無從考證，估計該艦是撞上了26日～27日夜間荷蘭海軍在附近佈設的水雷。
儘管實力被進一步削弱，但是杜爾曼毫不動搖。21∶25，剩餘的盟軍艦隻轉向北繼續求戰--這一行動被莫里森形容為「自殺攻擊」。 22時，艦隊發現了還在海上掙扎著的「科頓納爾」號的倖存者。杜爾曼派出手頭最後的驅逐艦--「遭遇」號去營救他們，自己則率領僅剩的4艘巡洋艦繼續向北去作最後的努力。「遭遇」號共救起了「科頓納爾」號全部150名船員中的113人（一說「科頓納爾」號共153人，其中94人被「遭遇「號救起），隨後獨自返回泗水。
盤旋在盟軍上空的那架來自「神通」號的偵察機終於燃料耗盡，於21∶20返航。不過日方的空中眼線並沒有馬上斷絕，「那珂」號的偵察機暫時接過了班。而後者於22∶00返航。至此，高木終於失去了對敵艦位置的單向透明--但是，對於盟軍來說已經太晚了。因為為防備杜爾曼再殺回馬槍，第5戰隊以及配屬於其的2個水雷戰隊正在向南搜索前進。
高木的預感準確無誤。在皎潔的月光下，日軍瞭望發現了東東南方位16000碼外的目標，時間是23∶02。艦隊隨即掉頭取與盟軍平行航向。8分鐘以後，盟軍艦隊同樣發現了日本人。已經孤注一擲的杜爾曼下令立即開火，想要作最後一搏。與他的急不可耐相比，高木直到杜爾曼艦隊開火11分鐘後才開始還擊。雙方的砲火都斷斷續續--雙方都面臨同樣的困境∶彈藥不足，船員疲勞，唯有勉力堅持到最後而已。
盟軍艦隊司令和他的艦隊沉入漆黑大海
杜爾曼的「自殺攻擊」將盟軍在爪哇海上的悲劇推向了最高潮，23∶32，「德．魯伊特」號為突如其來的爆炸震撼，緊隨其後的彈藥庫殉爆又徹底撕裂了這艘船。大火照亮了漆黑的夜空，「德．魯伊特」號很快就失去了動力，無法控制的大火肆無忌憚地向全船蔓延，艦上的40毫米高射砲彈藥被炎熱所引爆，四下橫飛的彈片肆無忌憚地收割著那些正在掙扎求存者的性命。
有關「德．魯伊特」號的爆炸原因，最初僚艦猜測是水雷所致，然而這並非事實，因為就在旗艦爆炸的10分鐘前，聯合艦隊第5戰隊的「那智」號和「羽黑」號重巡洋艦在該艦14000碼外進行了一次魚雷攢射，兩艦射出了合計12條射程驚人的93型「長矛」式氧氣魚雷，其中「羽黑」號所發射的1枚恰好命中了「德．魯伊特」號輕巡洋艦，從而鑄成這次災難。
在掙扎了大約3個小時後，「德．魯伊特」號帶著盟軍指揮官杜爾曼將軍與344名船員沉入了大海。緊隨其後的澳大利亞海軍「珀斯」號輕巡洋艦上的船員曾回憶「德．魯伊特」號「在可怕的爆炸和灼熱的熱浪中變成了一個火球」，為此「珀斯」」號不得不緊急向左轉驚險萬分地避過了「德．魯伊特」號的殘骸。緊跟在「珀斯」號之後的美國海軍「休斯敦」號重巡洋艦則幾乎一頭撞上了前者。
由日本雷擊艦播撒而出的災難還在繼續。23∶34，正位於盟軍隊列末尾的「爪哇」號為「那智」號射出的1條魚雷直擊，該艦很快步了旗艦的後塵。512名船員隨「爪哇」號一起永遠留在了爪哇海。由於暗夜遇襲和遠距離雷擊的緣故，不論是盟軍艦隊本身還是日本海軍都未能及時施救，所以「德．魯伊特」號和「爪哇」號的船員陣亡率分別達到了驚人的70%和96%。
諷刺的是，當夜23∶52，也就是杜爾曼艦隊幾乎喪失戰鬥力以後，他們終於收到得到了關於日軍運輸船隊位置的準確情報。這是一架18∶50起飛的荷蘭飛機於22∶35發現的情報，而該機曾在19∶55前後發現杜爾曼編隊。然而此時此刻，一切都已經晚了，在情報到達之前，「德．魯伊特」號已經化作了爪哇海上巨大的火炬，熊熊的火光彷彿昭示著1942年盟軍在東印度的悲慘結局。
「珀斯」號的艦長沃勒上校成為了艦隊指揮官。他命令目睹了這幕慘劇的「珀斯」號和「休斯敦」號向西南方向的丹戎不碌港撤退。也有人說，撤退命令是杜爾曼將軍在最後時刻下達的……
日軍方面則錯誤地以為盟軍正向東南方向撤退，於是進行了追擊。儘管雙方都估計當夜仍將爆發遭遇戰並徹夜保持了戰鬥值班，但是彼此此南轅北轍的航向卻使悲劇性的爪哇海戰終於落下了帷幕。在這場長達7個小時的漫長戰鬥中，日軍共發射了1619發203毫米砲彈、221枚140毫米砲彈和約150枚魚雷，確定的命中的只有4發（一說5發）203毫米砲彈和3枚魚雷。此外日軍的驅逐艦一共發射了515枚127毫米砲彈。盟軍方面的重型艦隻方面則只有「珀斯」號有1發確定命中。雙方的命中率都低的出奇，主要原因撇開運氣因素之外，乃是源於在整場戰鬥中雙方主力都一直保持在遠距離交火。
就戰果而言，盟軍方面「德．魯伊特」號、「爪哇」號巡洋艦，「科頓納爾」號、「伊萊克特拉」號和「朱庇特」號驅逐艦沉沒，「埃克塞特」號重傷，「休斯敦」號輕傷。反觀日軍僅有驅逐艦「朝雲」號被重創，另有幾艘驅逐艦受輕微傷，對比盟軍艦隊的慘重損失可謂大獲全勝。
2個荷蘭師決心在陸地與日軍第48師團決戰
在最後的悲劇到來之前，倖存的盟軍驅逐艦已經先後向泗水返航。
28日，日軍第48師團在格拉干登陸，2艘盟軍巡洋艦「珀斯」號和「休斯敦」號則在13∶30進入丹戎不碌港。令人哭笑不得的是，這一次盟軍空軍倒算是配合，使得2艘巡洋艦在前往丹戎不碌港途中得到了來自雅加達的盟軍戰鬥機的掩護。
西突擊艦隊離開後的丹戎不碌港一副失敗景象。
一位「珀斯」號的船員回憶到當時該港「死氣沉沉」，這番景像對早已在27日長達7個半小時的艱苦海戰和徹夜值班中累得精疲力竭的船員來說，這副景象對他們士氣的打擊是無法估量的。「休斯敦」號的情況也不好，主砲的連續射擊帶來的震動對該艦造成了不小的影響。沃勒上校在該港向海夫里奇將軍報告了爪哇海戰的經過。
2艘巡洋艦抵達丹戎不碌港之後不久，荷蘭驅逐艦「艾弗森」（HNLMS Evertsen）號也抵達了這裡。該艦在前一天的轉進行動中遇到暴風和其他艦隻失去聯繫，因此未能和盟軍西突擊艦隊主力一起突破巽他海峽，被迫獨自返回丹戎不碌港。該艦於28日下午2時抵達該港。
在前一天的海戰中，雙方都消耗了大量彈藥，此時「珀斯」號還剩餘160發6寸砲彈，「休斯敦」則尚有300發8寸砲彈。此外它們還急需補給燃料。然而他們在丹戎不碌港只能找到1000噸燃料，這還是荷蘭留給自己的小金庫。經過交涉，「珀斯」號終於補充了300噸燃料，大約佔其油艙容量的一半。「休斯敦」號則補充了剛夠駛抵澳大利亞的燃料。至於主砲彈藥，在該港是一發都沒有。聊勝於無的是，「珀斯」號好歹得到了一些4英寸砲彈。
儘管經歷了慘痛的失敗，荷蘭人依然絕望地堅信爪哇島是可以守住的。當然，並不該攻擊這種絕望下的堅守心態是殖民者拒不肯吐出贓物的吝嗇，因為在東印度的荷蘭軍隊中，上至海夫里奇將軍下至普通水手，許多人都出生在東印度群島，這裡對他們而言就代表著家。更何況，荷蘭陸軍還掌握著約2個師的兵力，這使得孤注一擲的荷蘭人仍就有本錢幻想日軍終究可能會失敗。守護家園的願望和渺茫但尚存的希望使海夫里奇將軍最終命令丹戎不碌港內的3艘盟軍艦隻駛向芝拉扎繼續作戰，他無意退卻。
不過，其他盟軍成員可遠沒有荷蘭人這麼樂觀。
早在2月15日新加坡陷落之時，英國人就率先判斷東印度已經完蛋了。25日分兵之後，海夫里奇將軍手下的艦隊就日趨單薄。還在杜爾曼被擊敗之前，運送P-40戰鬥機的美國海軍「蘭利」號航空母艦（Langley）就在芝拉扎以南50英里處被日軍航空母艦擊沉。27日爪哇海戰提前退場的倖存者們在返回泗水之後便在盤算著自己的出路。考慮到巴厘海峽（Bali Strait）太淺不適合「埃克塞特」號通行，而日軍又佔據了龍目海峽（Lombok
strait）兩岸，以重傷的「埃克塞特」號可憐的速度根本無力在白天突破該海峽，帕里瑟少將便命令該艦和驅逐艦「遭遇」號、「波普」號和「威特德威斯」號一起經由巽他海峽轉進。另一方面，賓福德中校又強烈要求率領他的驅逐艦分隊經由巴厘海峽轉進澳大利亞，他的要求在28日下午得到了滿足。
對於丹戎不碌港內的三艘盟軍艦隻來說，他們有兩條路可以選擇。從地圖上看，丹戎不碌港與芝拉扎分別位於爪哇島的南北兩側，因此自丹戎不碌港前往芝拉扎，或者經由東邊的龍目海峽、萬隆海峽之線，或者經由西邊的巽他海峽。28日下午15∶00，盟軍空中偵察報告日軍的西爪哇入侵部隊正位於丹戎不碌港以北約為10小時航程位置。此外，巽他海峽暢通無阻，沒有日軍出沒。於是，巽他海峽就成了這三艘盟軍艦隻的選擇。
不幸的是，這份對路線選擇起決定性作用的關鍵情報恰恰是一份錯誤情報。當原顯三郎和西爪哇入侵部隊逼近目標時，7艘運輸船在「由良」號和兩艘驅逐艦的護送下離隊前往西爪哇中部，計劃在厄勒威丹（Eratan
Wetan）登陸。盟軍空中偵察實際發現的正是這支分隊。偵察機錯誤地估計了這支分隊的實力，報告這支部隊包括10艘運輸船，2艘巡洋艦和3艘驅逐艦，正在雅加達以北50英里處向東航行。既然看起來日軍無意封堵巽他海峽，「珀斯」號的艦長沃勒和「休斯敦」號的艦長羅克斯上校（Albert H. Rooks）便決定取道巽他海峽前往芝拉扎，畢竟以他們現在的狀態，指望去襲擊日軍登陸艦隊實在是一種幻想。【注釋：莫里森在《兩洋戰爭》中認為兩艘盟軍巡洋艦出動的原因是為了阻止日軍西爪哇入侵部隊的登陸。考慮到盟軍的實力以及地理位置，筆者傾向於盟軍的實際目的是前往芝拉扎】
28日傍晚19：00，「珀斯」號和「休斯敦」號啟航了。「艾弗森」號則在等候命令確認，因此直到20：45才出發。在兩艘巡洋艦上，經歷了前一天血戰的官兵們普遍懷著一種慶幸的心情：「謝天謝地，我們終於要離開爪哇海了。」他們並不知道將在巽他海峽等待他們的是甚麼。
此時，原顯三郎的船隊已經抵達巽他海峽入口處的聖尼古拉斯角（St. Nicholas Point）。 6艘運輸船在日軍第12驅逐艦中隊及4艘隸屬於第22驅逐艦中隊的驅逐艦護送下，進入海峽前往默拉克。日軍艦隊主力則在萬丹灣下錨。
這支日本艦隊的序列如下：
原顯三郎的旗艦：「名取」號輕巡洋艦；
由崎山釈夫大佐指揮的第7戰隊第2分隊，下轄兩艘重巡洋艦「最上」號（旗艦）、「三隈」號和驅逐艦「敷波」號。該分隊位於萬丹灣以北約20英里處。
由莊司喜一郎大佐指揮的第11驅逐艦中隊，下轄三艘驅逐艦「白雪」號（旗艦）、「初雪」號和「吹雪」號；
由野間口兼知大佐指揮的第5驅逐艦中隊，下轄三艘驅逐艦「春風」號（旗艦）、「旗風」號和「朝風」號。該驅逐艦中隊和第11驅逐艦中隊主力與「名取」號一同在登陸區巡邏。「吹雪」號則在登陸區東側巡邏，警戒盟軍最可能的來襲方向。
由小川莚喜大佐指揮的第12驅逐艦中隊，下轄兩艘驅逐艦「白雲」號（旗艦）和「叢雲」號。該驅逐艦中隊在海峽內。
以上合計2艘重巡洋艦，1艘輕巡洋艦，9艘驅逐艦。
此外日軍第7戰隊的另外兩艘重巡洋艦--「三隈」和「最上」的姊妹艦「鈴谷」號和「熊野」號也在附近。毫無疑問，這將是一場不相匹敵的戰鬥。
當夜天氣晴朗又是滿月，海面平靜，能見度良好。日軍第16軍指揮官今村將軍的副官曾在這個「寧靜」的夜晚不無得意地說：「全軍上下頗覺得有些失望，看起來這次登陸行動將兵不血刃地獲得成功。」雖然當天下午日軍空中偵察發回的情報顯示在雅加達附近發現了盟軍船隻，由此看來他的自滿未免有些言之過早，不過這種感覺卻在日軍上下傳播開來：開戰以來一路的高歌猛進捷報頻傳給他們的自我感覺實在是太好了。
雙方都沒有預料在當晚會有戰鬥。然而，雙方都要失望了。不過，對於日軍來說來臨的只是驚訝，而對盟軍來說則是災難。後者正懷著慶幸的心情，駛向宿命的終點。
是夜22∶39，「吹雪」號率先發現約11000碼外有兩艘不明船隻正從東方接近。該艦立刻向原顯三郎報告了這一情況，後者和第11驅逐艦中隊主力此時位於聖尼古拉斯角以北8英里處。9分鐘後，「名取」號也發現東東南方向18500碼外遠處出現兩個不明輪廓。率先發現不速之客的「吹雪」號則轉向巴比島（Babi
Island）尾隨跟踪入侵者。22∶59原顯三郎認定來者為盟軍艦隻，於是他命令重巡分隊與第5驅逐艦中隊立刻南下與他匯合。他向日軍艦隊通報的作戰計劃如下：「考慮到敵艦在看到我軍巡洋艦之後可能會選擇迴避作戰從而使我們失去一個擊沉他們的大好機會，有鑑於此，我決定利用『名取』號為誘餌將敵艦從運輸船那裡吸引到開闊海區。之後一旦敵艦開火，我們就和第7戰隊一起反擊了結他們。」
在「珀斯」號上，該艦領航員曾在其經過巴比島以南2500碼處時記錄道：「海情平靜，幾乎沒有風，滿月，無雲，能見度約6至7英里。」其後的「休斯敦」號的記錄則顯示當時兩艦的速度大約為22節。23∶00左右兩艦發現前方有一些不明船隻。鑑於情報顯示日軍無意封鎖巽他海峽，兩位盟軍艦長都判斷那是荷蘭巡邏船隻。因此當瞭望員報告前方五英里處發現船隻時，沃勒上校命令發出驗證信號。不明船隻用綠色信號燈發出了令盟軍莫名其妙的信號之後立刻放煙幕走人，沃勒上校這才明白原來碰上的是敵艦。他顧不上怨天尤人，立刻下令兩艦轉向北。 23∶15兩艘盟軍巡洋艦率先向敵艦開火。
被發現的日軍艦隻是「春風」號驅逐艦，在幾分鐘前該艦曾報告發現「珀斯」號輕巡洋艦。
跟在「休斯敦」號後面約3000碼處的「吹雪」號跟著盟軍艦隻轉向。23∶14，該艦認為已無隱藏身份之必要，遂在轉向過程中一口氣打出了9枚90式魚雷和16發砲彈，距離約為2700碼。事後該艦報告命中魚雷一枚。
雖然原顯三郎打算拿座艦當誘餌釣魚，不過沃勒上校並沒有上鉤。盟軍巡洋艦轉了個圈之後繼續向運輸船方向駛去，這使得原顯三郎大感意外，遂在23∶15放棄了原計劃，轉而命令第5和第11驅逐艦中隊前去衝擊敵艦，同時第12驅逐艦中隊向主力靠攏。
在登陸區域，之前那位對「兵不血刃的登陸」「頗感遺憾」的副官被其聲稱的所謂「震耳欲聾的砲響」嚇了一跳，高叫著「在我方錨地北東北方位16公里處，兩艘戰列艦正在不停地發射巨砲」。
在盟軍巡洋艦上，瞭望員不斷報告發現了更多的敵方艦隻在掩護錨地--這些艦隻可能是「名取」號和第11驅逐艦中隊，肯定包括第5驅逐艦中隊的「春風」號、 「旗風」號以及一些掃雷艦。「休斯敦」號也可能發現了身後的「吹雪」號。不過，可能直至此時盟軍指揮官還沒有意識到他們撞上的是日軍入侵艦隊主力。事後「珀斯」號的報告顯示：「無法估計我們遇上的敵方是哪一部分。在整個過程中大量驅逐艦從各個方向向我們開火，此外還有一位艦橋上的軍官聲稱看見大量擠在一起的船隻，估計是運輸船。」
「春風」號正在一路拉煙向西北方向轉進，煙幕反倒把正在向北疾進的同隊兄弟「旗風」號暴露了出來。後者用120毫米主砲向盟軍開火，沃勒爾則應以向東轉向。23∶26，一發砲彈在「珀斯」號的前煙囪處爆炸。這發砲彈打飛了「珀斯」號的一艘救生船，此外還對左舷的乒乓炮以及信號橋樓甲板造成了一定破壞，但是總體而言該艦的作戰性能並沒有因此受到影響。23∶38，鑑於潘姜島（Pandjang Isand）距離盟軍距離過近，沃勒上校下令轉向東北方向以避免擱淺。
在截至此時共計20多分鐘的海戰中，雙方打得頗為熱鬧，但是都沒有獲得甚麼像樣的戰果。然而對於盟軍艦隊來說，不幸即將開始，因為此時日軍的包圍圈已經完成。一方面，盟軍艦隊已經離開日軍擔心的登陸區；另一方面，在「旗風」號成功轉進後，第5驅逐艦中隊已經在聖尼古拉斯角北東北方向11000碼處集結。同時，第12驅逐艦中隊正從西方趕來，而兩艘重巡洋艦則在聖尼古拉斯角東北方向轉向東開始測距，一旦本方驅逐艦完成攻擊，重巡的203毫米主砲就將發言。
絞索收緊了
日軍的最後攻擊由「白雪」號和「初雪」號發起。兩艦一馬當先，冒著盟軍猛烈的砲火疾進，於23∶40抵近至4000碼距離上各自向南打出9枚90式魚雷，隨後迅速放煙幕轉進。在攻擊過程中它們遭到了盟軍炮火的阻截，「珀斯」號的一發6英寸砲彈命中了「白雪」號的艦橋，造成1死11傷【注釋：一說1死8傷】。
兩艘盟軍巡洋艦轉向聖尼古拉斯角以東，此時他們位於日軍運輸船東北大約幾千碼的位置。「珀斯」號在此過程中曾發射過4枚魚雷，不過該艦的倖存者戰後無法確定魚雷的目標，反正四面八方都是敵人，管他手上能搞到甚麼武器只管打出去就是。「休斯敦」號的記錄用一句話描述了這一時間的戰鬥：「戰鬥成為了一場混戰--我艦向各個方向開火，交戰距離從未遠於5000碼。」不過，從日方的記錄來看，此時盟軍的火力主要集中在日軍戰艦而不是運輸船身上。
第二個發動攻擊的是第5驅逐艦中隊。不過，這次攻擊同樣並不順利，他們也遭到了盟軍火力的阻截。首先「春風」號被幾次擊中，艦橋、引擎室和舵都遭到不同程度的損失，人員方面3死5傷，該艦就此退出了攻擊行列。「朝風」號隨後轉向北西北航向，在23∶43向東南方向的盟軍發射了6枚魚雷，距離約為4000碼。「旗風」號則被盟軍近失彈造成的巨大水柱擋住了視線，沒有發射魚雷。
最後，在23∶44，「名取」號向「珀斯」號發射了29發砲彈和發射了4枚魚雷，作為這一輪魚雷攢射的終結。射擊完成後，原顯三郎於23∶46放出煙幕轉向北，同時命令各驅逐艦中隊集結並裝填魚雷準備下一輪攻擊。
在這一輪魚雷攢射中，日軍先後共計發射了28枚魚雷。這些魚雷於23∶48前後逐一接近目標，它們造成了盟軍一定程度的混亂。當時「珀斯」的4座主砲砲塔各自獨立射擊，4英寸副砲則在發射照明彈。船員回憶道「當時我們也不知道究竟在射擊甚麼」。「休斯敦」號的情況也差不多。好在，這28條魚雷全部脫靶，無一戰果。與此同時，日方輕型艦隻已經暫時離開了戰場，兩艘「輕巡」改造的重巡即將成為戰場的主角。在「三隈」號上，艦長崎山釈夫大佐早就等得不耐煩了。兩艘重巡以魚雷齊射開場，開始了他們的表演。不過，這個開場並不順利：「三隈」號在打出第一枚魚雷之後，原計劃第三枚發射的魚雷滑到了原計劃第二枚發射的魚雷上。這一事故導致「三隈」號的魚雷發射耽擱了片刻。3分鐘後，這一故障被排除，於是「最上」號和「三隈」號各自對12000碼外的盟軍巡洋艦完成了一次6枚魚雷齊射。兩艘重巡登場之後，「珀斯」號和「休斯敦」號迅速將火力集中到它們身上，但是遺憾的是大部分砲彈都落在兩艘日艦前方。據崎山釈夫大佐估計，由於日軍兩艘重巡洋艦安裝有掃雷器，掃雷器引起的艦首波使得盟軍高估了日艦的速度，從而導致盟軍的火控不甚準確。不久之後由於距離巴比島過近，兩艘日艦轉向180度航向西。23∶52，日艦完成轉向後打開探照燈鎖定盟軍艦隻，引導主砲砲擊。
此前的23∶51前後，「珀斯」號的水兵艙又被命中一發，此發砲彈來源不明，好在不影響作戰性能，何況到這時候也沒人會留意住艙的情況了。4分鐘後，「休斯敦」號終於取得了命中：該艦的一發8寸砲彈命中了「最上」號，造成6死13傷【注釋：日方記錄沒有顯示傷亡】。此後不久，「三隈」號的配電系統出現故障，造成該艦的探照燈一度熄滅，該艦也因此暫時停止了砲擊。然而這也是盟軍的迴光返照。此刻，正在航向聖尼古拉斯角的盟軍巡洋艦面臨了另一個嚴重的問題：彈藥不足。「珀斯」號的主砲砲彈已經消耗殆盡，只剩下訓練彈可供發射；「休斯敦」號的情況要稍好一些，該艦的後主砲彈藥庫內還剩有部分砲彈。該艦的水兵們排成人鏈，用人力將260磅主砲砲彈從後彈藥庫向前主砲傳遞。
彈藥的窘迫不但影響了兩艦向兩艘日軍重巡洋艦的反擊，同時也使得日軍驅逐艦得以更從容地發動魚雷攻擊。很快，「春風」號和「旗風」號又靠了上來準備進行第二次魚雷射擊。「春風」號於23∶56、「旗風」號在23∶58，分別對東南方向4000碼外的盟軍巡洋艦發射了5枚和6枚533毫米魚雷。發射完畢後，「春風」號和「旗風」號分別轉向北方和西方。
在此期間，盟軍東北10000碼外的「最上」號於23∶57也發射了6枚長矛魚雷，同時「三隈」號報告電路故障已經修復，可以再次對盟軍發動攻擊。於是2艘日軍重巡洋艦在10000碼距離上繼續砲擊。第12驅逐艦中隊的「白雲」號和「叢雲」號於24∶00從聖尼古拉斯角匆匆趕來，在5000碼的距離上各自向東南東方位的盟軍巡洋艦發射了9枚90式魚雷。同時，日軍還從9000碼的距離上向「休斯敦」號射擊。美方判斷這是正在航向北方同時裝填魚雷的「名取」號輕巡洋艦，而日方的記錄則顯示這是「三隈」號。混戰中一發砲彈擊傷了「敷波」號，使其速度降為24節。
在登陸區，日軍的第二波登陸已經開始。從23∶14「吹雪」號進行了整場海戰中第一次魚雷發射開始，到23∶50兩艘日軍重巡洋艦完成第一次魚雷齊射為止，在這半個多小時內日軍一共發射了49枚魚雷。儘管此前「吹雪」號報告命中一枚，但實際上到此為止兩艘盟軍巡洋艦所遭受的所有損傷都是來自於砲擊。不過，這種好運氣很快就要終結了。從23∶56開始至24∶00止，日軍在4分鐘內接連打出了35枚魚雷，由於此時盟軍已經陷於無力干擾日艦隻魚雷發射的窘境，這種高密度的發射最終給盟軍艦隻帶來了滅頂之災。儘管沃勒爾上校命令兩艦全速向聖尼古拉斯角以西航行，試圖強行突破海峽進行最後一搏，但是對於盟軍來說，這已經太遲了。
3月1日00∶05，一枚魚雷擊中了「珀斯」號的前引擎室，引擎室內大部分成員都在爆炸中陣亡，僅有一名黑人船員倖存。這枚魚雷也使得該艦速度大減。日美雙方的記錄都認為這枚魚雷來自「春風」號。2分鐘後，另一枚魚雷又在該艦右舷艦橋下方部位爆炸【注釋：來源不明】，此後又有兩枚魚雷分別命中了前彈藥庫和「珀斯」號X砲塔下方，美方認為這是來自「白雲」號和「叢雲」號。由於「珀斯」號已經沒有彈藥，日軍驅逐艦便大膽地衝上前用艦炮肆意掃射無助的澳大利亞船員。00∶12，「珀斯」號向左舷翻沉，艦長沃勒爾上校和351名船員陣亡。其餘335名倖存者中，有103人沒有活到戰爭結束。
現在，只剩下「休斯敦」號孤軍奮戰了。儘管日方聲稱該艦此前已經被擊中【注釋：來自23∶52前後兩艘日軍重巡的砲擊】且有些美方材料顯示該艦此時已經嚴重傾斜，但是從該艦自己的記錄來看，直至此時該艦還奇蹟般地毫髮無傷。艦長羅克斯上校發現西去的航路已經被日軍擋住，「休斯敦」號已經無望衝出包圍圈，於是便下令轉向衝向日軍運輸船隊進行攻擊。午夜後10分鐘，該艦的好運氣結束了，一發砲彈命中了該艦的後引擎室，引爆了那裡的蒸汽管線，後引擎室內的全部成員當場殉職。和「珀斯」號一樣，在遭到了第一次嚴重打擊之後，沉重的打擊便接二連三地落在了該艦身上。此後該艦的受損記錄完全可以用混亂來形容：一發砲彈在首樓爆炸，引燃了那裡油漆儲藏室。另一發砲彈把軍官室打了個對穿。一枚魚雷擊中了主繪圖室，繪圖室成員在逃生時又遇上了橫飛的彈片從而全部陣亡。「休斯敦」號的兩座主砲塔從此只能各自為戰。據某些美方資料聲稱，在此後日軍曾一度無意照亮了己方船隻，「休斯敦」號的砲手們乘機取得了擊傷三艘驅逐艦並擊沉一艘掃雷艇的戰績，不過除了掃雷艇一艘沉沒外，這一戰果並沒有得到日方記錄的支持。此後，正當2號主砲塔在裝填第28發砲彈時，砲塔正面被命中【注釋：有美方記錄這是一發啞彈。日方記錄顯示這是23∶52前後兩艘日軍重巡洋艦射擊取得的效果。這裡取美方「休斯敦」號記錄的時間為準】。儘管在兩天的戰鬥中「休斯敦」號對於啞彈已經見怪不怪，但是這次命中引發的火災最終迫使羅克斯艦長下令向主砲彈藥庫注水，從而使得該艦的全部主砲退出了戰鬥。此後，又有3枚魚雷「錦上添花」（來源不明。該艦自己的記錄為右舷2枚，左舷1枚）。與「珀斯」號的遭遇類似，日軍驅逐艦再次衝上前來用小口徑武器向「休斯敦」號的上層建築瘋狂掃射。從日軍地圖來看，日軍布雷艦「白鷹」號也參與了對「休斯敦」號的掃射行動。雖然「休斯敦」號的主砲已經無法使用，但是該艦的單裝5英寸副砲組和機槍射手們一直堅守崗位直到彈藥全部耗盡。在「三隈」號的艦橋上，日方記錄如下：「我們在00∶20開火，大約兩發砲彈在6500碼的距離上命中了敵艦。我們繼續開火，不過3分鐘後由於離岸太近，我艦被迫轉向。轉向完成後我艦繼續射擊，敵艦艦橋爆炸，火光沖天。所有人都懷著無比激動的心情欣賞著這一勝利的場面。」
00∶30【一說00∶25分】，正站在一座機槍旁的羅克斯上校被橫飛的的彈片奪去了生命。此時日軍重巡的8寸炮已經停止了表演，日軍驅逐艦「敷波」號衝了上來集中火力射擊「休斯敦」號的後甲板和左舷機庫--那裡正聚集著大量從船艙裡逃出的倖存者。此後「敷波」號又向「休斯敦」號發射了一發魚雷以徹底了結這艘已經無法挽救的巡洋艦。
現在還不清楚誰在何時下達了棄船的命令，一說這是羅克斯上校在00∶25下達的，一說這是羅克斯上校陣亡後，副艦長大衛．羅伯茨中校（David Roberts）下達的。 00∶35前後，「休斯敦」號的船尾高高翹起，隨即沉入了海底。該艦的1061名乘員中只有368人倖存，其中有76人在戰俘營中死亡。
巽他海峽夜戰就這樣接近了終結。除了正在蘇門答臘西海岸航行的澳大利亞海「霍巴特」號巡洋艦曾收到一封顯示了「珀斯」號最終命運的電報外，盟軍方面再也沒有收到關於兩艦最後時刻的任何消息。
在兩艘巡洋艦之後於2月28日20∶45從丹戎不碌港出發的荷蘭海軍驅逐艦「艾弗森」也沒有逃脫悲慘的命運。該艦在出發幾小時後發現前方的天空已經被火光照亮，艦長德瓦利斯據此判斷先行的兩艘盟軍巡洋艦正在與日艦交戰，因此決定繞道向北，沿蘇門答臘海岸前進試圖繞開日軍封鎖線突破巽他海峽。不幸的是，在01∶30後（一說02∶00）該艦與日艦遭遇了。這是日軍第12驅逐艦中隊的「白雲」號和「叢雲」號，當時兩艦正高速返回它們先前的巡邏位置。其中一艘發射了照明彈，並對「艾弗森」號進行了一次全舷齊射，「艾弗森」號立即轉向以躲避打擊。這次轉向使得該艦一度與日艦脫離了接觸，但是很快，日軍的艦炮命中了該艦艦尾並引燃了大火。該艦最終在塞布庫．貝薩爾島（Sebuku Besar）搶灘，有說法認為這是艦長為避免後彈藥艙進水而做出的決定，但是最終該艦的後彈藥艙還是在燃燒幾個小時後發生了爆炸。其時該艦的狀況並不適合夜戰：該艦1941年12月1日才剛剛服役，船員們缺乏訓練，火控系統在此前的戰鬥中受損，而3個鍋爐中也只有2個可以使用。該艦共計32人陣亡，其餘成員在島上呆了幾天之後被日軍發現，隨後進了戰俘營。
在這場血腥的戰鬥中，盟軍方面兩艘巡洋艦和一艘驅逐艦全軍覆滅，日軍方面一艘掃雷艇沉沒（35死9傷），「三隈」號重巡洋艦、「白雪」號和「敷波」號驅逐艦輕傷，「春風」號驅逐艦中等損傷。此外，運輸船「左蒼丸」號【排水量7149噸】、「蓬萊丸」號【排水量9162噸】和「龍野丸」號【排水量6960噸】以及特設船隻「龍城丸」【排水量8160噸，又名「神州丸」號，是日本陸軍建造的登陸艦一類的船隻。該艦當時裝載著日軍第16軍指揮部】沉沒或擱淺。這些船隻的損失迫使大量的日本陸軍官兵和水手們跳海逃生，其中還包括今村將軍和他的副官--就是先為「兵不血刃的登陸」而遺憾，後來又大叫著「兩艘敵方戰列艦正在向我們射擊」的那位高人，不知道他在跳海逃生時又發表了怎樣的感言。日軍方面4艘陸軍船隻和掃雷艇的損失存在著一定爭議。在日方記錄中，這5艘船隻都是在3月1日00∶05分被「最上」號於2月28日23∶57發射的6枚魚雷命中擊沉，其中掃雷艇W2號直接給一枚魚雷撕成了兩截。從6發5中的記錄來看，「最上」號的運氣未免太好了一點，即使是這些基本屬於打固定靶。也有記錄認為，掃雷艇是給「吹雪」號發射的魚雷擊沉的--雖然「吹雪」號的確報告命中一條魚雷，不過這個解釋看來未免太離奇了一點，除非「吹雪」號發射的魚雷能用近一個小時來完成僅僅大約10000碼的航程。至於「吹雪」的命中記錄，筆者傾向於屬於誤報，實際並不存在，可能是日軍的魚雷又犯了老問題中途自爆了。不過，莫里森則在《兩洋戰爭》中的相關章節對此提出異議。他認為四艘陸軍船隻的損失是兩艘盟軍巡洋艦的戰果。他根據以下兩點否定了「最上魚雷」說∶
（1）、日軍重巡洋艦距離陸軍船隻太遠，魚雷不可能命中；
（2）、當時潘姜島位於「最上」號和陸軍船隻之間，因此就算「最上」號發射的魚雷沒有命中兩艘盟軍巡洋艦，也不可能打中陸軍艦船。至於那艘掃雷艇，則是「休斯敦」號的戰績。
從美日雙方的地圖來看，「最上」號和陸軍船隻的距離大概在15000碼。以長矛魚雷48節的速度，在8分鐘內完成這段距離的確有一定困難。從日方地圖來看，「最上」號和盟軍馴養艦間的連線延長線也的確經過潘姜島邊沿。由此看來，莫里森的質疑是有道理的。
不過，從另一方面看來，這5艘船隻也不像是盟軍方面魚雷的戰績。首先，在整場海戰中，盟軍方面只有「珀斯」號發射過4枚魚雷，倖存者不能肯定這4枚魚雷的目標。如果說「最上」號6發5中的戰績屬於運氣很好，那麼「珀斯」號4發4中的成績則屬於中六合彩級別的運氣。即使撇開這點不談，「珀斯」發射魚雷是在2月28日23∶40，根據雙方地圖，此時該艦距離陸軍船隻距離大約是5000碼。考慮到後者被命中是3月1日00∶05，除非盟軍使用的魚雷時速還不到10節，否則這段距離相對25分鐘的航程來說太短了。考慮到其他日艦（各驅逐艦和「名取」號輕巡洋艦）發射魚雷的時間和方向，他們似乎也沒有命中自己人的機會。考慮到以上因素，筆者個人認為簡單地將這5艘船隻的損失全部歸因於日軍魚雷是有失妥當的。鑑於混戰中盟軍在向各個方向開火，筆者認為這其中應該有「休斯敦」號艦炮的部分戰果。
原顯三郎將軍在總結這次海戰時寫道：「由於密集的射擊和巨大的水柱帶來的觀測困難，夜間作戰時判斷戰場形勢以及艦炮和魚雷造成的戰果是非常困難的。我們自己的報告試圖就砲擊和雷擊的效率作初步判斷。判斷的結論對激勵戰鬥精神是有利的，但是同時也影響了指揮官在今後戰鬥中的判斷。」他也指出在戰鬥中有幾次己方的驅逐艦差點被兩艘重巡發射的魚雷擊中，強調「這使得我們感到很危險」。儘管兩艘盟軍巡洋艦，尤其是「休斯敦」號重巡洋艦堅持戰鬥到底的精神令人肅然起敬，但是這對荷屬東印度的局勢來說於事無補。不過，如果帕里瑟少將沒有在27日命令盟軍西突擊艦隊轉進錫蘭，而是留在丹戎不碌港，在28日與「珀斯」號和「休斯敦」號匯合後於28日夜間一同突破巽他海峽，或許能給日軍西爪哇入侵部隊造成更沉重的打擊，也許兩艘盟軍巡洋艦也有可能與西突擊艦隊一同突破海峽。畢竟，從兵力上來看在這種情況下雙方差距要小得多（注意在此情況下，日軍另外兩艘重巡「鈴谷」號和「熊野」號也可能投入戰鬥）。但是，即使如此，盟軍也不可能獲得海峽的控制權，因為南雲忠一中將指揮的機動部隊正在印度洋徘徊。巽他海峽之戰就這樣結束了。這無疑是一個悲慘的爪哇海戰後一個血腥的後續，然而更可悲的是，這並不是悲劇的終結。
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