第1戰隊：戰艦／長門、陸奧
第24戰隊：巡洋艦／報國丸、愛國丸、清澄丸
第11航空戰隊：水上機母艦／瑞穗、千歲
第4潛水戰隊：輕巡洋艦／鬼怒、特設潛水母艦／名古屋丸 ※1941年12月2日～1942年4月10日轉調南遣艦隊做増援
第18潛水隊：潛水艦／伊－53、伊－54、伊－55
第19潛水隊：潛水艦／伊－56、伊－57、伊－58
第21潛水隊：潛水艦／呂－33、呂－34
第5潛水戰隊：輕巡洋艦／由良、潛水母艦／りおでじゃねろ丸 ※1941年12月2日～1942年4月10日轉調南遣艦隊做増援
第28潛水隊：潛水艦／伊－59、伊－60
第29潛水隊：潛水艦／伊－62、伊－64
第30潛水隊：潛水艦／伊－65、伊－66
第1連合通信隊：東京、高雄、父島海軍通信隊、沖繩通信隊、第3～6通信隊
附屬：水上機母艦／千代田 ※與朝日、室戸、朝日丸等1941年12月2日～1942年4月10日轉調南遣艦隊做増援
標的艦／矢風、攝津 工作艦/明石、朝日、給炭艦／室戸
病院艦／朝日丸、高砂丸
第1哨戒艇隊
1942年7月14日 中途島海戰後編制
獨立旗艦：戰艦／大和 ※戰艦／武藏就役後一同編入第1戰隊
附屬：戰艦／伊勢、日向
水上機母艦／千代田、日進
第7驅逐隊：驅逐艦／曙、潮、漣
標的艦／矢風、攝津
工作艦／明石、給炭艦／室戸
特設敷設艦／山鳩丸、特設病院艦／冰川丸
空母／八幡丸（雲鷹）、巡洋艦／報國丸、愛國丸、清澄丸、金龍丸、工作艦／山彥丸、病院艦／朝日丸、高砂丸
空母／春日丸 ※1942年8月31日改名「大鷹」
工作艦／浦上丸
1944年4月1日 戰時編制制度改定後編制
獨立旗艦：輕巡／大淀
第11水雷戰隊：輕巡／龍田
第6驅逐隊：驅逐艦／雷、電、響
驅逐艦／早霜、秋霜、霜月
附屬：戰艦／伊勢、日向、扶桑、山城、空母／鳳翔
第21驅逐隊：驅逐艦／初春、初霜、若葉
驅逐艦／夕風
海防艦／干珠、笠戸、滿珠、三宅
標的艦／矢風、波勝、特務艦／宗谷
工作艦／明石
特設測量艦／第三六共同丸、特設病院艦／冰川丸、天應丸
特設水雷母艦／神風丸、特設病院船／高砂丸、牟婁丸、特設工作艦／山霜丸、特設敷設船／王星丸
特設工作艦／浦上丸
獨立旗艦：輕巡／大淀
第11水雷戰隊：輕巡／龍田
第6驅逐隊：驅逐艦／雷、電、響
驅逐艦／早霜、秋霜、霜月
附屬：戰艦／伊勢、日向、扶桑、山城、空母／鳳翔
第21驅逐隊：驅逐艦／初春、初霜、若葉
驅逐艦／夕風
海防艦／干珠、笠戸、滿珠、三宅
標的艦／矢風、波勝、特務艦／宗谷
工作艦／明石
特設測量艦／第三六共同丸、特設病院艦／冰川丸、天應丸
特設水雷母艦／神風丸、特設病院船／高砂丸、牟婁丸、特設工作艦／山霜丸、特設敷設船／王星丸
特設工作艦／浦上丸
聯合艦隊直屬
第一戰隊 戰艦／長門、陸奧
第二四戰隊 特設巡洋艦／報國丸、愛國丸、清澄丸
第一〇航空戰隊 水上機母艦／瑞穂、千歳
第四潛水戰隊 輕巡洋艦／鬼怒、潛水艦／6隻
第五潛水戰隊 輕巡洋艦／由良、潛水艦／6隻
水上機母艦／千代田
驅逐艦／矢風
標的艦／攝津
工作艦／明石
第一戰隊 戰艦／長門、陸奧
第二四戰隊 特設巡洋艦／報國丸、愛國丸、清澄丸
第一〇航空戰隊 水上機母艦／瑞穂、千歳
第四潛水戰隊 輕巡洋艦／鬼怒、潛水艦／6隻
第五潛水戰隊 輕巡洋艦／由良、潛水艦／6隻
水上機母艦／千代田
驅逐艦／矢風
標的艦／攝津
工作艦／明石
第一艦隊
第二戰隊 戰艦／伊勢、日向、扶桑、山城
第三戰隊 戰艦／金剛、榛名、霧島、比叡
第六戰隊 重巡／青葉、衣笠、古鷹、加古
第九戰隊 輕巡／北上、大井
第三航空戰隊 空母／鳳翔、瑞鳳
驅逐艦／三日月、夕風
第一水雷戰隊 輕巡／阿武隈
第六驅逐隊 驅逐艦／雷、電、響、曉
第一七驅逐隊 驅逐艦／浦風、磯風、谷風、浜風
第二一驅逐隊 驅逐艦／初春、子ノ日、初霜、若葉
第二七驅逐隊 驅逐隊／有明、夕暮、白露、時雨
第三水雷戰隊 輕巡／川內
第一一驅逐隊 驅逐艦／吹雪、白雪、初雪
第一二驅逐隊 驅逐艦／叢雲、東雲、白雲
第一九驅逐隊 驅逐艦／磯波、浦波、敷波、綾波
第二〇驅逐隊 驅逐艦／天霧、朝霧、夕霧、狹霧
第二戰隊 戰艦／伊勢、日向、扶桑、山城
第三戰隊 戰艦／金剛、榛名、霧島、比叡
第六戰隊 重巡／青葉、衣笠、古鷹、加古
第九戰隊 輕巡／北上、大井
第三航空戰隊 空母／鳳翔、瑞鳳
驅逐艦／三日月、夕風
第一水雷戰隊 輕巡／阿武隈
第六驅逐隊 驅逐艦／雷、電、響、曉
第一七驅逐隊 驅逐艦／浦風、磯風、谷風、浜風
第二一驅逐隊 驅逐艦／初春、子ノ日、初霜、若葉
第二七驅逐隊 驅逐隊／有明、夕暮、白露、時雨
第三水雷戰隊 輕巡／川內
第一一驅逐隊 驅逐艦／吹雪、白雪、初雪
第一二驅逐隊 驅逐艦／叢雲、東雲、白雲
第一九驅逐隊 驅逐艦／磯波、浦波、敷波、綾波
第二〇驅逐隊 驅逐艦／天霧、朝霧、夕霧、狹霧
第二艦隊
第四戰隊 重巡／高雄、愛宕、鳥海、摩耶
第五戰隊 重巡／那智、羽黒、妙高
第七戰隊 重巡／最上、熊野、鈴谷、三隈
第八戰隊 重巡／利根、築摩
第二水雷戰隊 輕巡／神通
第八驅逐隊 驅逐艦／朝潮、満潮、大潮、荒潮
第一五驅逐隊 驅逐艦／黑潮、親潮、早潮、夏潮
第一六驅逐隊 驅逐艦／初風、雪風、天津風、時津風
第一八驅逐隊 驅逐艦／霞、霰、陽炎、不知火
第四水雷戰隊 輕巡／那珂
第二驅逐隊 驅逐艦／村雨、夕立、春雨、五月雨
第四驅逐隊 驅逐艦／嵐、萩風、野分、舞風
第九驅逐隊 驅逐艦／朝雲、山雲、夏雲、峯雲
第二四驅逐隊 驅逐艦／海風、山風、江風、涼風
第四戰隊 重巡／高雄、愛宕、鳥海、摩耶
第五戰隊 重巡／那智、羽黒、妙高
第七戰隊 重巡／最上、熊野、鈴谷、三隈
第八戰隊 重巡／利根、築摩
第二水雷戰隊 輕巡／神通
第八驅逐隊 驅逐艦／朝潮、満潮、大潮、荒潮
第一五驅逐隊 驅逐艦／黑潮、親潮、早潮、夏潮
第一六驅逐隊 驅逐艦／初風、雪風、天津風、時津風
第一八驅逐隊 驅逐艦／霞、霰、陽炎、不知火
第四水雷戰隊 輕巡／那珂
第二驅逐隊 驅逐艦／村雨、夕立、春雨、五月雨
第四驅逐隊 驅逐艦／嵐、萩風、野分、舞風
第九驅逐隊 驅逐艦／朝雲、山雲、夏雲、峯雲
第二四驅逐隊 驅逐艦／海風、山風、江風、涼風
第三艦隊
第一六戰隊 重巡／足柄
輕巡／長良、球磨
第一七戰隊 敷設艦／厳島、八重山
特設敷設艦／辰宮丸
第五水雷戰隊 輕巡／名取
第五驅逐隊 驅逐艦／朝風、春風、松風、旗風
第二二驅逐隊 驅逐艦／皐月、水無月、文月、長月
第六潛水戰隊 潛水母艦／長鯨 第九潛水隊
潛水艦／伊－123、伊－124 第一三潛水隊
潛水艦／伊－121、伊－122 第一根據地隊
敷設艦／白鷹、蒼鷹 掃海艇、驅潛艇、水雷艇
第二根據地隊 敷設艦／若鷹 掃海艇、驅潛艇、水雷艇
第一六戰隊 重巡／足柄
輕巡／長良、球磨
第一七戰隊 敷設艦／厳島、八重山
特設敷設艦／辰宮丸
第五水雷戰隊 輕巡／名取
第五驅逐隊 驅逐艦／朝風、春風、松風、旗風
第二二驅逐隊 驅逐艦／皐月、水無月、文月、長月
第六潛水戰隊 潛水母艦／長鯨 第九潛水隊
潛水艦／伊－123、伊－124 第一三潛水隊
潛水艦／伊－121、伊－122 第一根據地隊
敷設艦／白鷹、蒼鷹 掃海艇、驅潛艇、水雷艇
第二根據地隊 敷設艦／若鷹 掃海艇、驅潛艇、水雷艇
第四艦隊
旗艦 練習巡／鹿島
第一八戰隊 輕巡／天龍、龍田
第一九戰隊 敷設艦／沖島、海防艦／常盤、津輕
第六水雷戰隊 輕巡／夕張
第二九驅逐隊 驅逐艦／追風、疾風、朝凪、夕凪
第三〇驅逐隊 驅逐艦／睦月、如月、彌生、望月
第七潛水戰隊 潛水母艦／迅鯨
第二六潛水隊 潛水艦／呂－60、呂－61、呂－62
第二七潛水隊 潛水艦／呂－65、呂－66、呂－67
第三三潛水隊 潛水艦／呂－63、呂－64、呂－68
第三根據地隊 掃海艇、驅潛艇
第四根據地隊 掃海艇、驅潛艇
第五根據地隊 掃海艇、驅潛艇
第六根據地隊 掃海艇、驅潛艇
旗艦 練習巡／鹿島
第一八戰隊 輕巡／天龍、龍田
第一九戰隊 敷設艦／沖島、海防艦／常盤、津輕
第六水雷戰隊 輕巡／夕張
第二九驅逐隊 驅逐艦／追風、疾風、朝凪、夕凪
第三〇驅逐隊 驅逐艦／睦月、如月、彌生、望月
第七潛水戰隊 潛水母艦／迅鯨
第二六潛水隊 潛水艦／呂－60、呂－61、呂－62
第二七潛水隊 潛水艦／呂－65、呂－66、呂－67
第三三潛水隊 潛水艦／呂－63、呂－64、呂－68
第三根據地隊 掃海艇、驅潛艇
第四根據地隊 掃海艇、驅潛艇
第五根據地隊 掃海艇、驅潛艇
第六根據地隊 掃海艇、驅潛艇
第五艦隊
第二一戰隊 輕巡／多摩、木曾
第二二戰隊 輸送艦／粟田丸、淺香丸
第七根據地隊 掃海艇、驅潛艇
第二一戰隊 輕巡／多摩、木曾
第二二戰隊 輸送艦／粟田丸、淺香丸
第七根據地隊 掃海艇、驅潛艇
第六艦隊
旗艦 練習巡／香取
第一潛水戰隊 特設潛水母艦 靖國丸、伊－9
第一潛水隊 潛水艦／伊－15、伊－16、伊－17
第二潛水隊 潛水艦／伊－18、伊－19、伊－20
第三潛水隊 潛水艦／伊－24、伊－25、伊－26
第二潛水戰隊 特設潛水母艦 さんとす丸、伊－7、伊－10
第七潛水隊 潛水艦／伊－1、伊－2、伊－3
第八潛水隊 潛水艦／伊－4、伊－5、伊－6
第三潛水戰隊 潛水母艦／大鯨、伊－8
第一一潛水隊 潛水艦／伊－74、伊－75
第一二潛水隊 潛水艦／伊－68、伊－69、伊－70
第二〇潛水隊 潛水艦／伊－71、伊－72、伊－73
第十一航空艦隊
第21航空戰隊 鹿屋海軍航空隊、東港海軍航空隊、第一航空隊、葛城丸
第22航空戰隊 美幌海軍航空隊、元山海軍航空隊、富士川丸
第23航空戰隊 高雄海軍航空隊、台南海軍航空隊、第三航空隊、小牧丸
附屬 特設運輸艦／りおん丸、特設病院艦／慶洋丸、特設運輸艦／加茂川丸
第三四驅逐隊 驅逐艦峯風、沖風
南遣艦隊
輕巡／香椎 海防艦／占守
第九根拠地隊 掃海艇、驅潛艇 第四潛水戰隊
輕巡洋艦／鬼怒
第一八潛水隊 潛水艦／伊－53、伊－54、伊－55
第十九潛水隊 潛水艦／伊－56、伊－57、伊－58
第二一潛水隊 潛水艦／呂－33、呂－34
第五潛水戰隊 輕巡洋艦／由良
第二八潛水隊 潛水艦／伊－59、伊－60
第二九潛水隊 潛水艦／伊－62、伊－64
第三〇潛水隊 潛水艦／伊－65、伊－66
旗艦 練習巡／香取
第一潛水戰隊 特設潛水母艦 靖國丸、伊－9
第一潛水隊 潛水艦／伊－15、伊－16、伊－17
第二潛水隊 潛水艦／伊－18、伊－19、伊－20
第三潛水隊 潛水艦／伊－24、伊－25、伊－26
第二潛水戰隊 特設潛水母艦 さんとす丸、伊－7、伊－10
第七潛水隊 潛水艦／伊－1、伊－2、伊－3
第八潛水隊 潛水艦／伊－4、伊－5、伊－6
第三潛水戰隊 潛水母艦／大鯨、伊－8
第一一潛水隊 潛水艦／伊－74、伊－75
第一二潛水隊 潛水艦／伊－68、伊－69、伊－70
第二〇潛水隊 潛水艦／伊－71、伊－72、伊－73
第一航空艦隊
第一航空戰隊 空母／赤城、加賀
第七驅逐隊 驅逐艦／曙、潮、漣
第二航空戰隊 空母／蒼龍、飛龍
第二三驅逐隊 驅逐艦／菊月、夕月、卯月
第四航空戰隊 空母／龍驤、春日丸（大鷹）
第三驅逐隊 驅逐艦／汐風、帆風
第五航空戰隊 空母／翔鶴、瑞鶴
第？驅逐隊 驅逐艦／朧、秋雲
第一航空戰隊 空母／赤城、加賀
第七驅逐隊 驅逐艦／曙、潮、漣
第二航空戰隊 空母／蒼龍、飛龍
第二三驅逐隊 驅逐艦／菊月、夕月、卯月
第四航空戰隊 空母／龍驤、春日丸（大鷹）
第三驅逐隊 驅逐艦／汐風、帆風
第五航空戰隊 空母／翔鶴、瑞鶴
第？驅逐隊 驅逐艦／朧、秋雲
第十一航空艦隊
第21航空戰隊 鹿屋海軍航空隊、東港海軍航空隊、第一航空隊、葛城丸
第22航空戰隊 美幌海軍航空隊、元山海軍航空隊、富士川丸
第23航空戰隊 高雄海軍航空隊、台南海軍航空隊、第三航空隊、小牧丸
附屬 特設運輸艦／りおん丸、特設病院艦／慶洋丸、特設運輸艦／加茂川丸
第三四驅逐隊 驅逐艦峯風、沖風
南遣艦隊
輕巡／香椎 海防艦／占守
第九根拠地隊 掃海艇、驅潛艇 第四潛水戰隊
輕巡洋艦／鬼怒
第一八潛水隊 潛水艦／伊－53、伊－54、伊－55
第十九潛水隊 潛水艦／伊－56、伊－57、伊－58
第二一潛水隊 潛水艦／呂－33、呂－34
第五潛水戰隊 輕巡洋艦／由良
第二八潛水隊 潛水艦／伊－59、伊－60
第二九潛水隊 潛水艦／伊－62、伊－64
第三〇潛水隊 潛水艦／伊－65、伊－66
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